Depuis 1998, Ulrich Heininger est responsable pour la division des maladies infectieuses et des vaccins pédiatriques à l’Hôpital universitaire pédiatrique des deux Bâle (UKBB) à Bâle.

Il est professeur de pédiatrie à l’Université de Bâle et ses principaux domaines de recherche sont les maladies infectieuses évitables par la vaccination et la sécurité des vaccins. Pendant de nombreuses années il a été membre du Global Advisory Committee on Vaccine Safety (GACVS) de l’organisation mondiale de la santé OMS et il est un de 9 scientifiques et fondateurs du service INFOVAC, un réseau d’informations dans toute la Suisse pour les questions relatives aux vaccins posées par les médecins et pharmaciens.

Depuis 2001, Ulrich Heininger est membre de la Commission permanente des vaccinations (Ständige Impfkommission, STIKO) à l’institut Robert Koch de Berlin. De 2004 à 2019 il a été membre de la Commission fédérale pour les vaccinations (CFV). Depuis 2014 il est membre de la Commission fédérale pour la préparation et la gestion en cas de pandémie (CFP). De 2009 à 2012 il a été président de la Société européenne des maladies infectieuses pédiatriques. Il est membre du comité de rédaction de plusieurs revues scientifiques et a publié plus de 300 articles scientifiques, rédigé de nombreux chapitres de livres et donné plus de 500 présentations professionnelles.