Ulrich Heininger ist seit 1998 verantwortlich für die Abteilung Pädiatrische Infektionskrankheiten und Impfstoffe am Universitäts-Kinderspital beider Basel (UKBB) in Basel.

Er ist Professor für Pädiatrie an der Universität Basel und sein Hauptforschungsgebiet sind impfpräventable Infektionskrankheiten und Impfstoffsicherheit. Er war viele Jahre Mitglied des Global Advisory Committee on Vaccine Safety (GACVS) der Weltgesundheitsorganisation WHO und ist einer von 9 Wissenschaftlern und Gründungsmitglied des INFOVAC-Dienstes, eines schweizweiten Informationsnetzwerks für impfstoffbezogene Fragen von Ärzten und Apothekern.

Ulrich Heininger ist seit 2001 Mitglied der Ständigen Impfkommission (STIKO) am Robert Koch-Institut Berlin und war von 2004 bis 2019 Mitglied der Eidgenössischen Kommission für Impffragen (EKIF). Seit 2014 ist er Mitglied der Eidgenössische Kommission für Pandemievorbereitung und –bewältigung (EKP). Von 2009 bis 2012 war er Präsident der Europäischen Gesellschaft für pädiatrische Infektionskrankheiten. Er ist Redaktionsmitglied mehrerer wissenschaftlicher Fachzeitschriften und hat mehr als 300 wissenschaftliche Arbeiten publiziert, zahlreiche Buchbeiträge verfasst und mehr als 500 Fachvorträge gehalten.